Студент Академии (например Конохамару)
Академия — это место, где собираются потенциальные синоби, которых фактически не считают ниндзя, пока те не дипломируются из школы. Ученики академии выдерживают теоретические и практические тесты всех типов, где изучаются основные навыки ниндзя: военное искусство, дзюцу, физическая выносливость и стиль жизни синоби. Обычно им преподаётся использование основного оружия, такого как кунаи и сюрикены. Также преподаются различные элементарные техники, меняющиеся от деревни к деревне. Конечный экзамен академии меняется от школы к школе, в Селении Листвы он состоит из своего рода письменного теста и демонстрации фундаментальных техник. Единственным учеником, неспособным использовать чакру, когда-либо учившимся в Академии, был Рок Ли. После получения диплома выпускники получают налобную повязку («хитай-атэ») с металлической пластинкой, на которой изображен символ их селения. Некоторые, впрочем, носят её не на лбу, а, например, на руке или поясе. Кроме того, некоторые селения применяют дополнительный выпускной экзамен, который устраивает каждый сэнсэй-дзёнин своей команде из трёх учеников, чтобы проверить, действительно ли они готовы стать настоящими ниндзя и работать в команде. Таким образом гарантируется, что только поистине квалифицированные ниндзя получают звание гэнина. Эти экзамены разнятся в зависимости от учителя, который их проводит.

Гэнин (например Наруто)
Гэнин (яп. 下忍, «низший ниндзя») — самое низкое звание ниндзя. На этом уровне присутствует наибольшее неравенство силы между входящими в него ниндзя. Гэнин входит в группу из четырёх человек, состоящую из трёх учеников и учителя-дзёнина, с целью набора опыта и повышения собственных навыков. Формирование группы базируется на индивидуальных качествах ниндзя так, чтобы уравновесить силы разных команд. При достижении данного звания, ниндзя начинает вносить свою лепту в экономику родного селения, получая за выполнение заданий небольшую плату. Гэнины обычно посылаются на миссии сложности D, которые являются самыми простыми и почти всегда подразумевают задания, лишённые риска, основанные на ручной работе; или же, очень редко, на миссии сложности C, которые слегка напоминают действительную «работу ниндзя» и имеют очень низкий риск для исполнителей.

Чунин (например Шикамару)
Тюнин (яп. 中忍 Тю:нин, «средний ниндзя») — в его обязанности входит руководство и наблюдение за небольшими группами других ниндзя. Синоби этого разряда достигли уровня зрелости, которая, прежде всего, состоит из навыков лидерства и тактического мастерства. Некоторые из них, как например Ирука Умино, исполняют функции преподавателя; а другие, такие как Нара Сикамару, служат руководителями групп, отвечая за небольшие команды. Они должны с максимальной эффективностью принимать решения и использовать навыки ниндзя, находящихся под их командованием. После достижения уровня тюнина, синоби может носить опознавательный боевой жилет, в котором хранятся ниндзюцу-свитки. Тюнина обычно посылают на миссии сложности C или B.
Чтобы достигнуть уровня тюнина, гэнин вместе со своей командой должен принять участие в крупном экзамене ("Экзамене на звание тюнина"), который проходит дважды в год из-за растущего числа синоби в деревнях. В прошлом каждая деревня проводила свой собственный экзамен, но после Третьей Мировой Войны Ниндзя, союзнические страны согласовались проводить его лишь в одном избранном селении, таким образом улучшая и укрепляя свои отношения. Другое преимущество состоит в том, что ниндзя, принимающий участие в этом мероприятии, привлекает клиентов, которые могут заинтересоваться его наёмом. Экзамен на звание тюнина — это испытание не только силы, но и способностей собирать информацию, выживать в трудных условиях и соблюдать руководящие указания. Тех, кто имеют все эти качества, распределяют по парам для проведения турнирных поединков, за которыми наблюдают судьи, принимающие решение кого продвинуть в звании, а кто этого не заслуживает. Победитель дуэли имеет право перейти к следующему сражению, но главную роль при вынесении решения жюри играет не победа, а действия синоби во время поединков. Таким образом, любой, кто доходит к третьей стадии Экзамена, даже принявший участие всего в одном поединке, имеет шанс стать тюнином, даже если он фактически проиграл бой (например, Нара Сикамару). При этом победа в финале не гарантирует присвоения степени тюнина.

Джонин (например Какаши)
Дзёнин (яп. 上忍 дзё:нин, «верхний ниндзя») — чаще всего это высококвалифицированный ниндзя со значительными индивидуальными навыками, который исполняет функции военного капитана. Их часто посылают на миссии уровня А, а более опытным дзёнинам могут даже доверить миссии уровня S (наивысшей сложности), которые они могут доводить до конца в одиночку. Иногда дзёнину вверяют команду из трёх гэнинов для их более углублённого обучения. В «Naruto Anime Profiles» упоминается, что данное звание можно получить, сдав определённый экзамен. Большинство ниндзя этого уровня в состоянии использовать минимум два типа стихий, разные техники гэндзюцу и владеть тайдзюцу.

Специальный Джонин (например Ебису)
Токубэцу Дзёнин (яп. 特別上忍 токубэцу Дзёнин, «особый верхний ниндзя») (иногда сокращается до токудзё) — ими являются ниндзя с уровнем и способностями дзёнина, но которых подготавливают лишь в одной определённой отрасли военной науки. Это элитные специалисты, находящиеся в группах под командованием обычного дзёнина или возглавляющие отряды, которым вверяют задания одного, характерного рода. Один из примеров токудзё — это Ибики (эксперт в допросах) и Эбису (опытный учитель).

Кагэ (например Сарутоби)
Те, кто получили звание кагэ (яп. 影, «тень»), становятся главой одного из пяти сильнейших Скрытых Селений мира Наруто — это элита Селений, опытнейшие синоби, чья сила колоссальна, а мудрость не имеет границ. Несмотря на это, со временем они могут частично потерять свою былую мощь и быть превзойдены другими более молодыми ниндзя. Положение кагэ находится наравне с правителем его страны, основными задачами которого являются надзор за деятельностью своих деревень и лидерство над обществом-ниндзя. Кагэ может уйти и оставить свой титул кому-нибудь другому, в противном случае ниндзя остаётся на этой должности до конца своих дней. Это создает ситуацию, когда в один и тот же отрезок времени имеются два кагэ, из которых фактически лишь один исполняет обязанности правителя. Со временем появилась тенденция присуждать титул людям, которые имеют родственные связи или те, кто был учеником/учителем предыдущих кагэ. В аниме введён шестой кагэ из Страны Медведей, селения Скрытой Звезды — Хосикагэ (яп. 星影, «Тень звезды»). Однако, этим титулом синоби наделил себя сам и признают это лишь его соотечественники. Большинство кагэ - это ниндзя уровня S.
Титулы пятерых Кагэ изменяются в зависимости от Селения к которому они относятся:
Хокагэ (яп. 火影, Тень Огня): глава Селения Скрытого в Листве.
Мидзукагэ (яп. 水影, Тень Воды): глава Селения Скрытого в Тумане.
Цутикагэ (яп. 土影, Тень Земли): глава Селения Скрытого в Скалах.
Райкагэ (яп. 雷影, Тень Молнии): глава Селения Скрытого в Облаках.
Кадзэкагэ (яп. 風影, Тень Ветра): глава Селения Скрытого в Песке.

Ранг S (например Организация Акацки)
Ниндзя уровня S намного сильнее обыкновенного Дзёнин. S-уровень не относится к обычным званиям, официально таких ниндзя называют дзёнинами, они могут относиться даже к ещё более низким званиям или же вообще не иметь никакого. Преданность синоби этого ранга заключается в том, чтобы быть частью собственного селения и проявлять к нему лояльность, даже не живя в нём. Часто ниндзя этого уровня решают покинуть своё селение, пускаясь на поиск своих амбиций, и становятся ниндзя-предателями. Также ниндзя этого класса часто фигурируют в книге «Бинго», списке врагов для убийства, который имеет каждая деревня для использования дзёнинами и членами команды АНБУ. Большинство синоби, даже высшего уровня, избегают прямого столкновения с ниндзя уровня S. Ниндзя этого уровня значительно выделяются среди других и часто имеют прозвища, которые им дали их друзья или враги.

АНБУ (команда особого назначения)

Команда Особого Назначения АНБУ (яп. 暗部, дословно «тёмная сторона») (аббревиатура от Ансацу Сэндзюцу Токусю Бутай (яп. 暗殺戦術特殊部隊 «Особая команда по тактике убийств») — спецназ, находящийся под прямым контролем кагэ. Члены AНБУ носят фарфоровые маски, имеющие форму животных, для того, чтобы выделяться среди других синоби и оставаться неузнанными. Также они имеют стандартную униформу, состоящую из черной и серой брони, защитных пластинок для рук и татуировки в виде спирали на левом плече, кроме того, они носят с собой ниндзя-то (меч ниндзя), который обычно прикрепляется к спине. Некоторые из них на стандартные униформы надевают чёрные плащи с капюшонами, в то время как лидер команды может носить плащ белого цвета. Все члены АНБУ прекрасно разбираются в анатомии человеческого тела, на основе чего были придуманны различные мощные техники, например дзюцу, парализующее противника. Одно из возможных её подразделений — это Ниндзя преследователи (яп. 追い忍 ойнин), основная задача которого состоит прежде всего в поимке ниндзя-предателей, а затем в полном уничтожении их тел, таким образом избегая утечки в другие селения важной информации о типе чакры и различных анатомических признаках.

Похожие организации
Коноха имеет две организации похожие на АНБУ, но не являющиеся его подразделениями. Военная Полиция Листвы (яп. 木ノ葉警務部隊 Коноха Кэйму Бутай) или просто Военная Полиция — является уникальной организацией в Селении Листвы, хотя и другие деревни могут иметь подобные системы. Символ Военной Полиции — герб основавшего её клана Утиха на фоне сюрикэна. Когда-то она в основном состояла из членов именно этого клана, однако в настоящий момент никого из них уже нет в живых. Данная организация занимается соблюдением законов в Селении, и имеет практически неограниченную юрисдикцию. Тем не менее, она не может вмешиваться в области, которые находятся под прямым контролем Хокагэ. Также они уважают следственную систему и внутреннюю дисциплину организации АНБУ. Нидзю-сётай (яп. 二十小隊 нидзю:сё:тай, Отряд двадцати) — это оперативная группа, созданная Цунадэ, Пятым Хокагэ. Эта воинская часть была создана для розыска, захвата, и, в случае необходимости, устранения членов организации Акацуки на территории Страны Огня. Нидзю-сётай состоит из 20-ти команд, каждая из которых насчитывает четырёх членов
АНБУ Селения Листвы обычно подчиняется прямым командам Хокагэ, но за несколько лет до первых событий истории «Naruto», существовал Департамент подготовки АНБУ известный как Корень (яп. 根 нэ). Организация была основана и непосредственно возглавлена Дандзо, который усиленно обучал и конденсировал мировозрение детей. Корень способствует полному устранению эмоций, чтобы дать возможность своим членам доводить до конца миссии, не сдерживая себя. Эта организация имеет тенденцию следовать и дальше своим убеждениям: синоби, в отличие от большинства других групп ниндзя, не должен показывать никаких чувств (из упоминаний Сайя о правилах после того, как у него был найден подарок его «брата»). Считается, что Корень использовал методы, подобные выпускному экзамену Академии Селения Кровавого Тумана, который включал в себя смертельные поединки между студентами-друзьями. С того момента как Дандзо начал вести военную политику, что противоречило идеям Третьего Хокагэ, Корень был расформирован. Несмотря на это многие ниндзя остались преданны организации. Даже если организация показывает нам, что имеет хорошие намерениям, Цунадэ и Дзирайя относятся к ней с подозрением.

Ниндзя-медики
Ниндзя-медики (яп. 医療忍 ирё:нин) специализируются в лечении, главным образом используя для этого медицинские дзюцу. Должность врача-ниндзя требует большого уровня знаний и превосходного контроля над чакрой, так как она используется при лечении различных повреждений. Кроме медицинского обучения они, для избежания вражеских атак, уделяют особое внимание изучению боевых навыков, состоящих главным образом из техник тайдзюцу и некоторых медицинских дзюцу. Главной причиной этому является то, что смерть санитара-ниндзя может привести к смерти всей команды. Обычно медики посылаются наряду с группой в опасные миссии, тем самым, увеличивая процент выживания той команды.
Для наиболее серьезных повреждений ниндзя-медик выполняет Живительную технику реанимации (яп. 治活再生の術 Тикацу сайсэй но дзюцу), которая использует частицы тела пострадавшего для регенерации клеток зоны повреждения. Дзюцу требует большого количества времени и концентрации, поэтому врачебный персонал, чтобы отдохнуть, периодически сменяется.
Иногда врачебное дзюцу может применяться и как оружие. Например Кабуто Якуси таким образом превращал поток сконцентрированной чакры в скальпель, которым разрывал мышцы и артерии. Помимо него в аниме присутствуют другие ниндзя-медики - в первую очередь Цунадэ, а также её ученицы: Сидзунэ, Сакура Харуно и Ино Яманака.

Предатели-отступники
Ниндзя-предатели (яп. 抜け忍 нукэнин, «беглый ниндзя») — это те, кто покинул свою собственную деревню. За ними постоянно ведётся слежка из-за секретов, которые они хранят. Другие Скрытые Селения интересуются покупкой такой информации, потому, что это могло бы быть полезно для одержания победы в сражении или для заполучения уникального врождённого навыка определённого клана. Селения создают специальные подразделения Ниндзя-преследователей для предотвращения подобного развития событий, хотя маловероятно, что на каждого ниндзя-предателя имеется посланная за ним команда.