Действие начинается с момента возвращения Наруто с миссии по возвращению Саске, которая, как всем известно, закончилась провалом. В это время Данзо уже строит свои коварные планы, которые в последующем приведут к государственному перевороту, но что именно задумал глава "Корня"? Подставить Наруто Узумаки, с помощью своего подчиненного в лице Сая. Его план заключался в том, чтобы использовав Henge художник примет облик Узумаки и украдет из резиденции Хокаге важные документы, а поскольку свидетели видели обличье Наруто, то его в этом и обвинят. Конечно Сай выполнил поручение Данзо и, как они и задумали, Наруто Узумаки был обвинен в краже и отстранен от миссий.
Акацки предоставилась идеальная возможность для его поимки, о чем им и сообщил глава "Корня". В ответ на новость Пейн вновь отправляет за девятихвостым Итачи и его напарника Кисаме. Одновременно с ними, Дейдара и Сасори отправляются в Ото, чтобы ликвидировать Орочимару, своеобразная месть Пейна за его побег из организации. Но это далеко не главная новость организации "Акацки". Легендарный шиноби Учиха Мадара, о силе которого ходят легенды, вышел из неведенья и снова начал действовать, но пока об этом не знает никто. И чтобы этого никто и не узнал, он решил скрываться за маской глупого Тоби, а также основатель клана Учих вступает в Акацки. Но помимо всего этого, создает тайное общество под названием "Черные Крылья", в которое приглашает воскрешенных Забузу и Хаку. Но и это не весь список задуманного Мадарой, он придумывает план, с помощью которого надеется завербовать в "Черные крылья" Итачи и Саске.
Орочимару, тем временем, возвращает к жизни пяторку Звука и вновь готовит план нападения на Коноху. Чем же увенчается его очередная попытка разрушения Деревни скрытого Листа? Провалом или успехом?
By Uchiha Itachi...